一、供销合作社的法律地位
    这个问题一直争议较大，且与登记相联系。一种意见认为，供销合作社兼具企业法人、社会团体法人两种属性。这是供销合作社系统内比较传统的一类观点。其理由是，供销合作社采用企业化经营方式，故具有企业法人的特点;同时，供销合作社作为贯彻落实党和政府对农业、农村政策的载体，承担着政府委托的任务，指导系统的工作，与工会、共青团、妇联等又有相似的特点和社会地位，故兼具社会团体法人的特点。另一种意见认为，供销合作社系统中基层社和联合社的法律属性是不同的。前者是企业，后者是社会团体;前者的职能主要是经营，后者的职能主要是管理。草案采纳的观点是，供销合作社就是企业法人，是与公司制企业、股份合作企业、合伙企业、独资企业相并列的一种企业法人。特殊之处在于其对社员不以营利为目的，是一种“人合”型企业。联合社与基层社的法律属性也无根本区别。但对总社来说，似不宜定为企业法人，因中央5号文件所确定的总社的职能、任务均不属企业性质，而作为国务院直属事业单位，一经批准成立便具备法人资格，勿须登记。
    二、关于供销合作社组织的性质
    l、从社员资格来讲，供销合作社是农民的合作经济组织，故社员应当只是农民。然而现实状况是，不仅农民，包括城镇居民也可入股成为其社员。更有些地方的党政领导干部以带头入股来表示对供销合作社工作的支持。这当然有积极的一面，但也冲淡了供销合作社以农民为主体的特点。如规定只有农民才可入股，则会造成许多城镇居民的退出，不利于其发展。而且在市场经济条件下，同国有商业要下乡、开拓农村市场一样，供销合作社也要立足农村，向城市发展，充分发挥其城乡商品流通的重要渠道的作用，同时还可兴办城市消费合作社等各种合作社形式，对此不应限制。故草案中采用了“以农民为主的劳动者”的表述方法。
    2、供销合作社是合作社的一种类型，理应具备合作社的共性。那么这个共性是什么呢?或者说，合作社最本质的属性是什么?应当说，除坚持合作制几项基本原则外，就是“对社员不以营利为目的”一点。但这种表述遭到不少同志（包括专家）的反对，认为容易造成误解，即误认为“不以营利为目的”，好象亏损了也无所谓。故草案中把它变通为能够引申出这一涵义的“自我服务”的表述方法。
3、在定义中是否加上“集体所有制”这一限定词。专家认为，“集体所有制”在本法中易与社员股金个人所有发生矛盾。如把社有财产全部确定为集体所有，则该财产就不能量化到社员个人，终止时不能分掉。而供销合作社相当一部分财产来源于社员股金，社员股金是个人所有的，自始就是量化到个人的，而且中国有关企业立法的方向是取消各种所有制的限制。草案采纳了这种意见，定义中没有采用上述限定语词。
三、关于供销合作社与所属企业的关系
虽说供销合作社对社员不以营利为目的，但其所属企业参与市场竞争，面向全社会，应当是以追求经济利益最大化为目的的。两者之间，供销合作社是投资者，所属企业是被投资者;供销合作社以出资额为限承担有限责任，也相应获取投资收益。社属企业则应由相关的企业法调整，不受本法规范。为避免供销合作社将所有资金投入营利性企业而丧失为社员服务的功能，草案做了对转投资限制的规定，避免其服务功能的蜕变。